Проверить файловую систему и жесткий диск не предлагать - проблема совершенно однозначно не там. Ошибки создает сам rtorrent. Эмпирическим путем удалось выяснить, что проблема связана с фрагментацией при загрузке файлов одной раздачи, но больших размеров. То есть, если скопировать недокачанную раздачу в другую папку (удалив при этом файлы с ошибками), при выключенном клиенте, а затем обратно вставить и, запустив клиент, принудительно проверить, то проблема пропадает. Фрагментация очевидно возникает в пределах одной раздачи. Вопрос как от нее избавиться, есть ли в rtorrent встроенные возможности? А то мне просто надоело даже не перебрасывать туда-сюда файлы, надоела непредсказуемость самого процесса скачивания раздач больших размеров.