Ну, значит я такой один везучий. Удалил в "Прочие" пункт, точно не могу вспомнить как называется, но что-то вроде "Открыть папку"
и теперь у меня при нажатии на "Переход"->Любой пункт, появляется
"Не удалось открыть адрес «file:///home/тратата/тратата»
Не зарегистрировано приложения, поддерживающего этот файл".
Кстати так это и не решилось. Находил тут разные методы решения этой проблемы, но не один из них мне не помог.
Так папки нормально открываются в наутилусе.