Проблема решилась!
И я понял бы это раньше, если б пораньше догадался полазить по корневому разделу из-под лайв системы
Дело в том, что раздел, смонтированный на /backup, я некоторое время назад отмонтировал, чтобы прогнать по нему fsck, прямо из-под запущенной системы, а бэкап на это время не отключал. Так вот пока раздел был отмонтирован (потом я его примонтировал снова), система (точнее Back In Time) продолжала писать бэкапы в директорию /backup, но уже корневого раздела (а не примонтированного специально для бэкапов). Соответственно, когда раздел с бэкапами был примонтирован заново, по адресу /backup были видны его файлы, а файлы с корневого раздела оттуда видно не было, это и вызвало противоречие в показаниях занятого места на диске и размера файлов, видимых из-под системы.
Всем спасибо за помощь! В следующий раз постараюсь быть внимательнее =)