мне кажется что он как-то не дописался.
При загрузке с него выбери не запуск системы, а проверку диска - он сообщит, совпадает ли сумма.
Диск не обязательно мастер. У меня три диска - два IDE, на одном из которых Windows, и Sata, на котором Ubuntu Раньше, когда были только IDE, Ubuntu ставил на слэйв - проблем не испытывал.
На одном из дисков выдели свободное место, которое разбей по своему вкусу (ИМХО - оптимально три раздела: /,swap и /home. Обсуждения по поводу оптимальной разбивки были в большом количестве). Бить можно тем же партишеном или акронисом, если есть таковые. Сейчас, вроде, и родной разбивальщик не глючит (раньше были проблемы, теперь не знаю - диски уже давно не перебивал).
А вообще - бэкап и смелее в бой!!! Решения возникающий проблем ИМХО стоит искать по мере их возникновения.
Удачи!