Shalmaran, посмотрите доступные Вам темы оформления вообще:find /usr/share/themes -name gtkrc
Из выданного терминалом выберите что-нибудь наугад, и попробуйте явным образом скормить приложению yourQTAppName в виде переменной окружения:env GTK2_RC_FILES=/usr/share/themes/Breeze/gtk-2.0/gtkrc /usr/bin/yourQTAppName -style gtk+
По крайней мере с глюками интерфейса wps office такая методика катит, и он, если верить форумам в сети, именно что на qt. Правда тамошние глюки сводились к тому, что нечитаемыми становились шрифты. Но возможно в Вашем случае требуется нечто подобное.