с некоторой точки зрения можно эттим и занимаются две строчки
include /etc/nginx/conf.d/*.conf;
include /etc/nginx/sites-enabled/*;
в конфиге нжинкса, но они для них нет системы авторелоадиинга, т.е. после изменений в конфиге надо пинать нжинкс перечитывать конфиги.
.htacces читается при каждом хттп запросе, что весьма затратно по времени, но динамично (емнип).