Опишите _default_ сайт и отдельно ваш зоопарк.
Вы предлагаете создавать отдельный vh файл на каждый отдельный домен 3го уровня?
или я неправильно вас понял..
Вопрос:
как создать vh файл, который будет не только направлять
example.com
и
www.example.comв папку
example.com
но и все
*.example.com
и
www.
*.example.com
в
папки
*.example.com
эти строки
ServerAlias *.example.com
VirtualDocumentRoot /var/www/%0
решают проблему за исключением www