Иногда проблема запуска 64-битных приложений может скрываться в префиксе, если он ранее был сконфигурирован 32-битной версией wine. В этом случае самый простой способ - создать новый префикс:
WINEPREFIX=~/win64 winecfg
Хотя, наверное, правильным решением было бы переделать стандартный префикс, тот что в папке
.wine .