У меня похожая ситуация. Лично я грешу на кривую реализацию NTFS в Ubuntu.
Имею архив фотографий и видео общим размером 270 Гб. Основной архив хранится на внутреннем терабайтном диске отформатированном в NTFS, архив разбит на каталоги с максимальным размером 4.3 Гб так чтобы было удобно записывать архивные копии на DVD (с 2005 года это уже стало моим стандартом), раз в час основной архив автоматически синхронизируется с бэкапом который хранится на втором внутреннем терабайтном диске который тоже отформатирован в NTFS. Раз в месяц или чуть реже провожу синхронизацию архива на внешний терабайтный диск WD который тоже отформатирован под NTFS. Архив с внешнего диска раз в пару месяцев синхронизирую с еще одним бэкапом который находится на втором компе в другой квартире в другом городе, на втором компе тоже Ubuntu. В общем имею четыре независимых архива фотографий на HDD плюс архив на DVD. Так вот неделю назад заметил что на внешнем диске есть несоответствие содержимого одной из папок, стал сверять с одним из архивов и нашел еще различия в обоих архивах. Хорошо есть эталонный архив на DVD, стал сверять с ним и нашел еще различия. В итоге после тщательной проверки пришлось восстановить из DVD восемь каталогов чтобы долго не разбираться что исчезло а что продублировалось после проверок дисков. Некоторый каталоги вместо 4.3 Гб стали по паре сотен мегабайт, некоторые наоборот распухли до 6 Гб. Самое удивительное что все четыре диска имели свои уникальные отличия содержимого проблемных каталогов, ну и на каждом диске после чекдиска создался каталог с файлами "потеряшками" и на каждом диске эти "потеряшки" разные.
Четыре разных физических диска с разной степенью изношенности и разной степенью потери архивных данных. Теперь думаю как перевести четыре диска на EXT4 и возможно один из архивов переделать в крупные архивные файлы либо завести еще второй дубль архива с DVD.
Синхронизацию архива делаю с помощью утилиты rsync в режиме дописывания новых файлов и каталогов. На внешний диск синхронизацию выполняю в ручную каждый раз с разных архивов, один раз с основного другой раз с бэкапа, ну то есть по идее ничего случайно пропустить и не перенести на второй комп вроде как не возможно а все же потеря данных произошла.