Столкнулся с данной проблемой не в Ubuntu, а в Linux Mint 17.3, решил следующим образом:
Запускаю игрушку, перехожу в полный экран, ставлю нужное разрешение, получаю сабжевый глюк.
Перехожу в оконный режим, выхожу из игрушки.
Запускаю (в оконном режиме), получаю нормальную яркость, перехожу в полный экран и яркость сохраняется, но до перезапуска.
При следующем запуске настройки слетают и трюк приходится повторять.