Советую воспользоваться поиском по форуму, и внимательно почитать свежие темы про обновление системы. И да, там люди рекомендовали отключать абсолютно все сторонние репозитории при обновлении. Сам я систему не обновляю автоматически, каждый раз переустанавливаю, когда захочу обновить. Считаю, что так надежнее. Но совет про репозитории мне попадался сравнительно недавно, я его запомнил.