У тебя gnome? Если да, то Система->Параметры->Сеансы, а там в первой же вкладке создаешь что тебе надо.
К примеру: надо запустить CheckGmail и открыть папку /home/username/Downloads/. Создаешь элемент: Название: Gmail, команда: checkgmail и еще один элемент: Название: Downloads, команда: nautilus /home/username/Downloads