Что значить "лучше" , смотря какие задачи выполняешь.
Упомяну о плюсах.
1) Ну конечно сервер терминалов + сервер PostgresSQL + сервер 1С реализуются бесплатно. - это немалая экономия средств.
2) Большим плюсом является то, что не надо докупать дополнительные терминальные лицензии на сервер. Они тоже бесплатные
(у MS стоимость терминальной ли 6400 + 1900 за одного пользователя), кроме того быстро увеличить количество пользователей нельзя.
Если у Вас закончились терминальные лицензии и нужно расширить количество пользователей, то необходимо докупить недостающие лицензии и покупаются они минимум по 5 штук. В Линуксе, вы просто добавляете, настраиваете и пользуетесь.
3) Экономия ресурсов компьютера. На той же самой "железке", 1С работает быстрее процентов на 12-15(тест Гилеева) , чем на windows 2007 (у меня именно такие машины стоят), думаю что связано с большим количеством служб запущенных на Windows, хотя не могу точно сказать.
4) Использую сервера на Linux Ubuntu уже примерно лет 7, как файловые так и терминальные. За это время не было ни разу потери данных из за сбоя ОС , хотя свет вырубают ОЧЕНЬ часто. "Железо" выходило из строя, NTFS таблицы слетали, но Linux не разу...
Потому считаю их более надежными.
Спасибо за внимание.