Да, действительно конфликтовали файловые менеджеры, только не Немо и Наутилус, а Немо и Phantheon.
После переустановки немо и удаления Phantheon работоспособность стола была восстановлена. Наутилус удалил дабы он не грузил автозапуск.
Вот код для терминала, может кому пригодиться: sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/nemo
sudo apt-get update
sudo apt-get install nemo nemo-fileroller
sudo xdg-mime default nemo.desktop inode/directory application/x-gnome-saved-search
sudo apt-get install dconf-tools
sudo gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons false
sudo udo ppa-purge ppa:elementary-os
sudo apt-get purge elementary-desktop apport-hooks-elementary avahi-daemon cerbere contractor elementary-artwork elementary-default-settings elementary-desktop elementary-icon-theme elementary-os-prerelease elementary-theme elementary-wallpapers elementaryos-report-problem-dockitem empathy empathy-common fonts-open-sans fonts-raleway gala gir1.2-totem-1.0 gir1.2-totem-plparser-1.0 gnome-icon-theme-full gnome-search-tool libclutter-1.0-0 libclutter-1.0-common libclutter-gtk-1.0-0 libcogl-common libcogl-pango0 libcogl9 libgranite0 libmutter0 libnss-mdns libpantheon0 libplank-common libplank0 libsqlheavy0.1-0 libtagc0 libtotem-plparser17 libtotem0 libtumbler-1-0 libunique-1.0-0 maya midori mutter-common nautilus-sendto-empathy noise pantheon pantheon-files pantheon-greeter pantheon-print pantheon-shell pantheon-terminal pantheon-xsession-settings plank plank-theme-pantheon scratch slingshot-launcher switchboard switchboard-gnome-control-center switchboard-plug-wallpaper telepathy-salut totem totem-common totem-mozilla totem-plugins ttf-unifont tumbler tumbler-common wingpanel
sudo apt-get remove nautilus
Спасибо, за подсказку.