Если совсем удалил и в корзине нет, то иди в ~/.config, открывай user-dirs.dirs и смотри, что в строке
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/..."
если ничего нет, то сам допиши так:
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Рабочий стол"
и заново создай каталог "Рабочий стол" в /home/user/
Название каталога и в записи должны сопадать