Ну, во-первых можно в самом Наутилусе создать вторую вкладку (Файл -> Создать вкладку), тогда все будет в одном окне.
Во-вторых, при клике по иконке дается предпросмотр открытых однотипных окон.
В-третьих, можно попробовать другое окружение (Mate, XFCE, LXDE, KDE), там открытым окнам соответствуют привычные плитки в стиле Windows на панели состояния.