Наверное, не лучший скрипт, но, думаю, что-то сделает:
find . -iname "*pdf" | while read file ; do if pdfinfo $file | grep Adobe ; then mv $file ~/Desktop/WRONG/ ; fi ; done
Поскольку у меня битых файлов нет, то я проверял на произвольное слово в выводе pdfinfo. У меня это Adobe. Скрипт перенес файлы, сделанные в Adobe в ~/Desktop/WRONG/, и оставил остальные (например, сделанные в LaTeX). Вам нужно Adobe заменить на ERROR, ну и создать предварительно папку ~/Desktop/WRONG.
Конечно, можно сделать лучше, т.к. сама утилита pdfinfo если нет ошибок, возвращает 0, а если есть, то разные коды ошибок. Можно как-то проверять это условие. И еще у меня файлы с пробелами не обрабатываются.