У меня такая проблема появилась при переходе на 9.04. После очередных обновлений исчезла. (НЕ ИСЧЕЗЛА см. пост ниже)
При загрузке торрента на скорости 10-11 Мбайт/сек (т.е. примерно как и у автора) процессор используется на 100%, хотя сам клиент и демон Deluge используют только 30-40% CPU (видимо какие-то фоновые процессы грузят проц, но в списке их нет).
Но проблема даже не в загрузке процессора, загрузка на 100% была и в 8.04 и 8.10, но в это время я мог смотреть фильм или слушать музыку, работать... новые приложения открывались медленно, но все открытые работали нормально без глюков и тормозов и скорость закачки от этого не падала.
В 9.04 стал даже иногда указатель мышки замирать, а приложения тормозили, про открытие окон вообще нечего говорить, даже между приложениями переключался с трудом.
Потом пока копал проблему с дровами на встроенную видяху много чего обновлял. Перешел на новое ядро 2.6.30, но ничего существенно не поменялось в плане тормозов при загрузке на большой скорости. Сейчас проблема исчезла - при загрузке по торренту на скорости ~11Мбайт/сек проц используется на 100%, сам клиент и демон также ~40%, но все работает так как и раньше в 8.04(8.10) - ничего не тормозит и не замирает. Из-за чего все вернулось в норму трудно сказать. Из нестандартных репозиториев добавлены только:
deb http://ppa.launchpad.net/xorg-edgers/ppa/ubuntu jaunty main #xorg-edgers PPA
deb-src http://ppa.launchpad.net/xorg-edgers/ppa/ubuntu jaunty main #xorg-edgers PPA
deb http://ppa.launchpad.net/transmissionbt/ubuntu jaunty main
deb-src http://ppa.launchpad.net/transmissionbt/ubuntu jaunty main
Первый для видяхи (не стабильный), второй для Трансмишин с оф.сайта. Хотя я ним и редко пользуюсь, но подписался на обновления. Из софта дополнительно в последнее время ничего не ставил.
p.s.: Проблема записи больших файлов на жесткий диск есть (и в предыдущих Ubuntuх у меня она тоже была), но это не мешает работать. Т.е. при копировании большого файла из папки в папку (скорость ~7Мбайт/сек) загрузка 100%, хотя сам процесс наутилуса ~5%, но в это время все приложения работают адекватно - не тормозят, новые правда запускаются с трудом.