Собственно, практически до этого и дошёл. Только там надо создавать собственные ярлыки, ссылающиеся на собственные значки.
Так что, можно считать проблему решённой.
Вот подробное решение:
1. Ищем ярлык программы (обычно это /usr/share/applications/%название программы%.desktop
2. Копируем его в другое место, копию открываем в текстовом редакторе
3. Ищем строку "Icon=...", где прописываем полный путь до нужного значка. При желании можно изменить и другие параметры. Вот хороший гайд по линуксовым ярлыкам:
http://life-warrior.org/programs/gui-deb/manual/icons.html.
4. В настройках виждета ищем пункт "Способ идентификации приложения", жмём "добавить", вводим путь до ярлыка и всё прочее необходимое.
5. Сохраняем ярлык, закрепляем его на панели
6.
7. PROFIT!!!