Тогда все ясно =)
При шифровании домашнего раздела также шифруется и swap раздел. При этом, он каждую загрузку создаётся заново, шифруется и монтируется. Таким образом получаем, что:
1. Gparted его не признает (зашифрован же).
2. Гибернейт не работает. Т.е. при погружении в сон, оперативка успешно складывается в swap, но при старте системы swap перешифровывается с рандомным ключем, т.ч. все, что в нем лежало - теряется, поэтому из такого сна комп никогда не проснется.
Решение - переустановка системы с использованием шифрования всего жесткого диска в dm-crypt (
https://help.ubuntu.ru/wiki/шифрование_всего_диска).
Ну или, если спящий режим особо не нужен - нормальный такой выход - тупо забить