Мне кажется, в вашем случае оптимальнее будет настроить под убунтой виртуальную машину с виндовз (например, VirtualBox, должен быть в стандартных репозиториях), это достаточно просто, и поставить туда эту программу. Единственное, понадобится либо новая лицензия на виндовз, либо можно попытаться сделать виртуальный диск на основе уже установленной винды (гуглите disk2vhd).
Если всё-таки очень надо под вайном, то могу только дать несколько рекомендаций (я попробовал поставить под вайном через PlayOnLinux, у меня даже установочник вылетает с ошибкой):
1) согласно информации в install.doc программе нужен фреймворк .net4 и загрузить его можно отсюда:
http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=178512) также ей может понадобиться нечто по имени "Microsoft Access OLE DB Provider", которое скачивается отсюда:
http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=132553) Эти обе штуки надо установить в вайне и потом запускать установку программы. Чтобы получить побольше информации, я бы это делал через консоль:
cd /путь/к/загруженному/файлу/
wine ./Setup_PPDGR_full.exe
Ещё иногда работает вариант скопировать папку с программой, установленной под виндовз, и запускать под вайном.
Удачи!