Во-первых, надо убедиться, что порты появляются в системе (смотрите наличие /dev/ttyUSB* /dev/ttyACM*).
Во-вторых, надо убедиться, что порты работают (замкнуть RX/TX и проверить эхо в minicom`е).
В-третьих - убедиться, что порты обеспечивают необходимую функциональность для работы с железом (проверить работу портов в windows в связке с железом).
Если все - ok, то проблема в wine (нужно, чтобы он увидел порты, а это работает не всегда).