Вы имеете ввиду, что продолжает гореть, но не мигает. Да?
Один человек тут писал, что наутилус лучше всех отключает носители: "даже питание от них отключает, а остальные файловые менеджеры просто отмонтируют". Не дословно, но примерно так.
Попробуйте другие флешки, где нет такого индикатора или просто не обращайте внимания на это.
Ещё есть программа cairo-dock. Она точно сообщает, что всё записано и флешку можно вытаскивать.