Это просто конфиг файла сменился после обновления. Лично я просто удалил этот файл и настроил заново, лень было сравнивать, что там изменилось. Конкретно этот конфиг отвечает за периодичность проверки обновлений и автоустановку.
Вы, видимо, при обновлении выбрали создание нового конфига. Старый, соответственно, был сохранен под таким именем. Он ни на что не влияет, это просто предупреждение. Чтобы его убрать - просто удалите этот файл.
В этом случае, ничего критического там нет. Можете открыть 20auto-upgrades.ucf-dist и 20auto-upgrades и сравнить. В любом другом случае лучше сначала посмотреть и подправить новый при необходимости.
Так что, проблема не запускающихся приложений явно не в этом.