Угу. Понятно.
Однако при этом везде добавлено что-то типа:
* Если вы не знаете, что вы делаете
* Это не есть хорошо, потому что может случиться страшное
Следовать выбранной линии (пользоваться одним менеджером пакетов) вполне нормально и думаю, что в большинстве случаев именно так оно и есть. Повторюсь, что на практике никогда проблем не испытывал, возможно плохо пробовал. Опять же, всё, что можно таким образом сломать можно починить.