вопрос общего плана...
В принципе, самое низкоуровневое, в пространстве пользователя, без прав рута, дать команду:
sync
И после завершения можно вынимать. Команда записывает оставшееся в кеше на диски. Если после sync ничего не записывалось, то ничего не пропадёт. Если там FAT, а что-то "внезапно" решило менять данные на флешке после sync, то можно потерять данные на флешке. Для ext3/4 нет такой проблемы (там журнал демпфирует проблему, потеряется, разве что, только записанное после sync).
Потому, для "вежливости" надо бы после дополнить командой:
umount /media/user/флешка
Тогда уже ничто не должно пытаться читать/записывать в отношении этой флешки.
Клики мышкой на соответствующие GUI кнопки вызывают примерно эти команды.
Думаю, 9 из 10, что существует dbus команда для отмонтирования флешки из командной строки без прав рута. Не пробовал искать такую.
Я встречал два USB картридера, которые сами, или ещё там что, не подчинялись полностью командам. Один - под Вендой много лет назад назад, отдельный USB "свисток".
Второй - недавно, SD картридер в составе ноутбука, при FAT32 на флешке. Делаешь sync, umount, ставишь флешку в КПК, а КПК не показывает наличие записанных файлов, часто, но не всегда. Ставишь флешку обратно в ноут - всё на месте, обратно в КПК - появилось. Т.к. в промежутке резет КПК не приводил к появлению файлов, то, думаю, это картридер вычурный. С отдельным и другим ридером проблем нет. Сам ноут тоже с прибабахами. Dell брать НЕ надо, если только он не из официальных списков оборудования Ubuntu
http://www.ubuntu.com/certification/ Чуть в модели одна буковка из 6-7 не та, и там м.б. несовместимое железо.
По части лампочки - смотря что она значит на аппаратном уровне. Есть различие - отмонтировать файловую систему, или отмонтировать вообще аппаратное устройство. Второе заодно автоматом отмонтирует ФС, но и USB картридер, например, исчезнет из списков до "перетыка" или перезагрузки (компа, Udev и т.п.). Если изготовитель сделал, что лампочка сигналит о каких-то аппаратных состояниях, то - вот оно. Причём это может не быть USB картридер, а может быть какая-то общая для электроники фича.
Ну и, если разбитые разъёмы, плохие контакты - могут быть глюки, спонтанные сообщения, отключения/подключения и т.д.
Если картридер, синезубый модуль в ноутбуке, то их могут тупо припаивать к выводам USB контроллеров. Там аналогичный эффект. Если докопаться до программного отмонтирования устройства, то они исчезают из системы до перезагрузки.
Только осторожнее, я как-то программно отключил синезуб, на два года, пока к нему пофиксили драйверы под Линукс.
Я им пользуюсь раз в год, всё искал как бы сделать, чтобы после загрузки он был выключен, а включался по требованию только. Ну и, отключил...,
а он, оказывается, умел это запоминать аппаратно. Драйверы долго не умели включать его обратно, потом научились.