Нет, дело не в настройках сканера.
Есть:
1) Ubuntu 14.04, smb версии: 4.3.11
2) Ubuntu 20.04, smb версии: 4.11.6
3) Centos 8, smb версии: 4.13.3
Конфиг smb один и тот же(ну только на 2 и 3 прописано server min protocol = LANMAN1), сканировал по 10 страниц с двух сторон на каждую из этих машин с одного МФУ, в итоге:
1) 1 минута 30 сек
2) 2 минута 05 сек
3) 1 минута 50 сек