В /etc/rc[0-6].d находятся ссылки на скрипты /etc/init.d которые выполняются при старте и остановке системы.
Цифры 0-6 обозначают 7 возможных режимов работы. Я точно не помню, какой уровень, для чего нужен. 0 - если не ошибаюсь, полное выключение системы, а 6 - перезагрузка, остальные уровни не помню, используйте поиск.
Имя ссылок задается определенным образом:
1. действие (K - остановка / S - старт службы)
2. порядок выполнения (0 - 99)
3. имя выполняемого скрипта
Например, скрипт /etc/rc6.d/K19samba будет запущен до скрипта /etc/rc6.d/S90reboot, т.е. сначала samba будет остановлена, а потом система перезагружена.
Вот и вам нужно проверить порядок и очередность выполнения скриптов при включении и выключении.