ubuntix, обновление работает. Периодически удаляйте "лишние" ядра командойsudo apt autoremove
Руками никакие системные файлы, устанавливаемые пакетным менеджером, удалять не следует.
Исключение - когда точно знаете, что делаете и к чему это приведёт.