Ох, зря вы издеваетесь над системным Питоном.
Это вылезет потом в самом неподходящем месте.
Лучше поставьте в виртуалке 19.04, или 19.10, или Debian Testing (rolling релизы, всегда всё "самое свежее") и используйте их как среду разработки.
Виртуалка без GUI и с доступом по ssh на порту 10022 запускается так:
qemu-system-x86_64 -cpu host -smp 4 -machine type=pc,accel=kvm -boot order=d -drive file=/mnt/sda1/bigfiles/ubuntu-server,format=qcow2 -m 1G -net nic -net user,hostfwd=tcp::10022-:22 -daemonize -display none
где
4 - количество выделенных потоков ЦП
1G - размер выделенной оп. памяти
/mnt/sda1/bigfiles/ubuntu-server - путь к образу диска, его можно создать с нуля и самостоятельно в него установить систему, можно скачать готовый "облачный" образ
Если решите, что виртуалка - слишком толстый и неповоротливый зверь, можете освоить
контейнеры LXD.
По любому пункту могу написать подробнее, если нужно.