Почему "тут"? Это везде так с питоном несмотря на позиционируемую кроссплатформенность.
В линуксе как-раз таки меньше проблем с ним, питон везде стоит.Это в винде он редкость - потому для винды имеет смысл py2exe.
Но не заблуждайтесь - это не скомпилированный бинарник, а по сути standalone установка: питон, программа, необходимые либы еtc, просто собранное в одно.(ссылку вы надеюсь прочли)
Т.е. по идее тоже самое можно соорудить через InnoSetup например.Для юзера это будет выглядеть как обычный виндовый установшик - а что там внутре неважно.
Для линукса же... Ну во-первых использовать наиболее распространённую версию питона (уж не 3, естественно), какие-то дополнительные требуемые модули (pygamе например) можно и прямо в сборку включить - неизвестно есть ли они у юзера, а модули невелики на фоне приложения (игры ведь жырные (^_^)).
Потому как собирать пакеты по понятиям - нереально с линуксовым зверинцем.