У меня именно с Ubuntu 16.04 пару раз воспроизводился баг, когда скрытая временная папка не исчезала из наутилуса. Например во время распаковки архива появляется системная папка, она должна сразу исчезнуть после окончания распаковки, но иногда (не часто) она не удаляется, остаётся на месте. Если попататься её удалить вручную система ответит, что я пытаюсь удалить папку или файл, который не существует. Перезагрузка помогает в этих ситуациях. Возможно в этом случае так же поможет перезагрузка наутилуса
nautilus -q
но я не помню помогает это или нет.