Я не житель украины, потому не знаю тонкостей, может тогда зима/лето виноваты?
Т не пойму - зачем Вы колошматите ntp.conf, когда сами указали его не использовать?
И чем Вас ntpd не устраивает.
ЗЫ На сколько помню, ntpdate нужно либо вручную толкать, либо по расписанию, но могу наврать.