Можно в Ubuntu установить сессию xfce. При загрузке сможете выбирать что запустить: ubuntu или xfce. Настройки сохранятся, программы переустанавливать не придется.
Если всеже решили ставить Xubuntu, то программы придется устанавливать заново, а настройки DE от Ubuntu не пригодятся в Xubuntu.
Остается только сохранить данные пользователя. Или сохраните каталог /home целиком - может что и пригодиться.