пока просто установлена - нет.
Воообще повредить Ubuntu через вайн - не думаю, а вот с юзерскими данными что-нибудь сделать... мало ли...
На правах паранойи я бы рекомендовал запустить winecfg и в разделе дисков убрать все те, которые ссылаются на файловую систему и домашнюю папку. Оставить только C (который неудаляем), CD-ROM (если нужен) и D, который ссылается на какую-нибудь рукотворную папку с Windowsким софтом в домашнем каталоге.