kitaets, у вас версия Ubuntu какая?
По первому вопросу проблему не подтверждаю. Всё отлично открывается с другого раздела винчестера, как из самой программы, так и из файлового менеджера по контекстному меню. По второму вопросу ничего сказать не могу - не использую симлинки.
Kubuntu 18.04.2, GIMP 2.10.8.