Я немного не понял, у ТС пользователи подключаются к 1с по удаленке?
Если так, то ХUbuntu тут не при чем, проверьте у каждого пользователя темы оформления именно на серваке. Сделайте одинаковым, так как у вас. У вас же нормально показывает.
Так же через что вы подключаетесь к удаленному рабочему столу. У меня одна только одна машина, я ее через Remmina настроил. там тоже можно немного посмотреть. В общем в настройках подключения посмотрите (через что вы там подключаетесь), и на самом серваке темы пользователей.