1) Можно и без переноса. Сначала сделайте дефрагментацию обоих винчестеров (Я правильно понимаю, что их именно два физических?). Затем запустите LiveCD ("Попробовать Ubuntu без установки") и спомощью программы Gparted уменьшите NTFS-раздел. На освободившемся месте создайте расширенный раздел, а в нём три логических, для корня системы (15-20GB, ext4, точка монтирования /), для "Домашней папки пользователя" (тоже примерно 15Gb, ext4, точка монтирования /home) и файл подкачки Ubuntu, называемый swap (в два размера оперативки).
Когда соберётесь ставить систему, на одном из этапов установки, просто примонтируете (примените) части системы к этим созданным разделам.
https://help.ubuntu.ru/manual/разметка_диска
2) Grub не перезапишет загрузчик Windows, а интегрирует его в себя, переведя на себя выбор осей при загрузке. Главное, ставить Grub не на какой-либо раздел, а на устройство (винчестер в целом), то есть именно на sda, а не sda1, sda2 и т.д. Если у вас два физических винчестера, то второй будет sdb. Тогда Grub лучше ставить на тот винчестер, на котором стоит Windows (это не обязательно, но так проще), главное, что бы винчестер, на который ставится Grub, был указан загрузочным в BIOS. Обычно, винчестер с Windows распознаётся как sda, является загрузочным в BIOS и именно на него по-умолчанию установщик предлагает поставть Grub. Но всё же лучше проконтролировать.
3) Акрониксом сам не делал, так что за риск и время не скажу. Думаю, риска потерять инфу нет (лишь бы электричество не вырубили и животные/дети случайно по клавиатуре не пробежались). Но вот что после Акроникса может не встать Ubuntu - заметный факт - на этом форуме таких сообщений было уже много.
Делайте всё с помощью Gparted с LiveCD Ubuntu. Она будет предупреждать, что данные могут быть потеряны, но это стандартное предупреждение. Риски не более чем с Акрониксом. Да и времени в любом случае уйдёт много (возможно, несколько часов на передвижение границы всерьёз заполненного NTFS-раздела). Новые разделы создаются быстро.
4) Не хотите виртуалку - не надо. Главное через Wubi.exe не ставьте. В этом случае Ubuntu установиться как обычная win-программа. Получается та же виртуалка, только с кучей багов и проблем, рецептов решения которых вы скорее всего не найдёте, так как здесь почти ни кто не пользуется этим способом установки.
Что-бы узнать об основах читайте:
https://help.ubuntu.ru/manual/введениеПисалось для 10.04, но вполне актуально для новых версий (за исключением размеров отводимого под систему дискового пространства).
Успехов.