Гм... позавчера установил 5рц вайна, проблема осталась. Снес вайн БЕЗ удаления конфигов, потом установил заново - не "повторная установка", а именно с промежутком между удалением и установкой, вроде вылечилось.
Вообще, непонятно. Вебмин показывает, что вайн должен вызываться только на файлы c mime-типами вроде x-msdos-executable, но никак не x-application или вроде того, то есть - только на виндовые и досовские EXE, у котороых по нулевому смещению есть сигнатура MZ или ZM. Похоже, это какая-то проблема с привязкой mime-типов в гноме. Либо она появилась с одним из релиз-кандидатов, вероятно - 1 или 2-ым.