Меня удивляет странность: он виден для lsusb и sane-find-scanner. Но не виден для scanimage -L.
Ну так lsusb и sane-find-scanner показывают воткнут кабель сканера в компьютер или нет.
А scanimage - это уже консольная программа для сканирования, она пытается работать с устройством, ей кабеля устройства не достаточно, нужен драйвер, права на устройство, настройки.
Если обновлений системы не было, то скорее всего настройки сбились.
Всё равно нужно удалять все пакеты Sane (их несколько), убрать настройки, потом установить из ppa, кстати в ppa для 16.04 лежат такие пакеты
libsane
libsane-common
sane-utils
libsane-dbg
libsane-dev
То есть устанавливать нужно их, ну и программу сканирования simplescan, или подобную...
На счет необходимости перезагрузки не знаю, может нужно после установки.