Спасибо всем, проблема решилась сама. Отформатировал флешку (предварительно сбросив данные на комп) и все стало нормально. Что это был за глюк не понял. Возможно форматирование на винде и убунте отличается,а также флешка отформатированная в винде не записывается в убунте и не проверяется на ошибки. До карты с видеокамеры пока не добрался, но думаю там будет также.