почему после смены ssd нарушился конфиг grub
По логике, не должен был измениться. Конфиг груб меняет только update-grub. Ну или чьи-то шаловливые ручки.
как его теперь восстановить?
Собственно ответ в предыдущей строке. Update-grub или отредактировать вручную.
вернул первый ssd на место, то удивился, что снова стала загружаться Windows автоматом без меню GRUB
Здесь я бы предположил, что при смене дисков изменился порядок загрузки в УЕФИ. На первое место встал Windows загрузчик, что неудивительно, зная начало твоей истории.
Больше похоже на особенность твоего конкретного УЕФИ.
что GRUB уже не видит win10
Чтобы не зависеть от капризов системы ни в плане обнаружения систем, ни в плане оформления-отображения меню существыет файл 40_custom.
Во первых. Он как раз и создан для пользовательских настроек.
Во вторых. Система его не трогает. В отличие от остальных скриптов, которые могут измениться, например при обновлении.
В третьих. Т.к. он исполняется последним, то настройки в нем погут переопределить настройки, сделанные предыдущими скриптами.
На примере таймаута. Таймаут из файла default читается скриптом 00_header. Если установлена Windows, то скрипт 30_os-prober перезапишет это значение.
Чтобы установить свой таймаут, который никто не перезапиет, помести его в 40_custom.