У меня был раньше Claws, сейчас Sylpheed. Один из них произошел от другого, точно не помню, кто от кого.
В обоих можно иметь по несколько ящиков, а в каждом будут свои папки. У меня, например, 3 аккаунта: Gmail, Yandex и еще один. В каждом есть свои папки Inbox, Sent и т.п.
В этих двух программах есть одна раздражающая меня, пришедшего с TheBat!, вещь, к которой просто нужно привыкнуть. Если в Бате просто выделить аккаунт (щелкнуть по нему), например, Yandex, потом нажать на кнопку приема, то примутся письма с Яндекса. Если потом щелкнуть по аккаунту Gmail и снова нажать на кнопку прима, то примутся письма с Gmail и т.д. В этих же программах (Claws и Sylpheed) щелканье (выделение) аккаунта ничего не меняет. Его нужно явно менять в меню. В Sylpheed это Configuration --> Change current account/...
Либо нажимать на кнопку Get All (принять все). Тогда не нужно будет переключать аккаунты, примутся все ящики.