Ой, как все весело!!!
Боюсь, что надо переустанавливать... Была уже тема на форуме. Я там посоветовал с LiveCD попытаться восстановить, но (!) г-н Frank (ЕМНИП) указал на то, что права (в том случае был изменен владелец) у файлов все таки могут различаться в системных папках и восстановить все парой команд вряд ли удастся. Пример: папка /tmp имеет такие права 1777, папка /var - 0755... То есть, просто так все это вряд ли можно восстановить.
Хотя, если взять образ системы и скопировать права оттуда, то, наверное, может получиться. Правда, работать придется с LiveCD и имея прямой доступ к серверу, соответственно.