ИМХО я делал (на DL360G5, 6x72Gb SAS 10k) диск №1 в RAID0, №2-5 в RAID5+spare, №6 в RAID0. Конечно последует вопрос, что за RAID0 из одного диска? Сразу отвечу. Аппаратные RAID-контроллеры на HP (а может и не только на HP) работают с дисками ТОЛЬКО если они проинициализированы как RAID-массивы. Если не инициализировать диск вообще (с целью использовать его как одиночный диск) - любая система которая будет установлена этот диск не увидит вообще. А если один диск кинуть в RAID0 - контроллером он проинициализируется как одиночный диск.
Так вот. Может стоит систему поставить на одиночный диск? А 5-й массив отпустить для файлопомойки?
Повторюсь, все это мое ИМХО, которое я реализовывал на своем серванте для работы VMWare ESXi 5 (аппаратный гипервизор).
В Вашем случае можно попробовать один диск пустить как одиночный для системы, оставшиеся 3 пустить в RAID5 (получится без spare-диска только). Может не хочет заводиться из-за установки системы на RAID-массив? Хотя по идее это глупо, Ubuntu должна ставиться без проблем на люой массив из коробки. Тем более если RAID аппаратный - системе пофиг какой RAID, она в любом случае при установке видит массив как обычный диск на SCSI-контроллере.