/etc/logrotate.d/squid, если ты про squid.
там написано, как часто делать ротацию. Есил стоит daily, то ротация соответственно ежедневная. Т.е. у тебя каждый день новый лог файл. И free-sa обрабатывает этот лог файл, содержащий информацию только за текущий день.