Если ubuntu на компьютере стоит, то можно сделать так:
1) Через утилиту "Диски" посмотреть, как примонтировалась флешка.
2) Удалить с флешки данные и все остатки файловой системы командой sudo rm -r ... (вместо точек - как примонтировалась флешка, например sdc , но с этой командой надо соблюдать осторожность, если перепутаете, то сотрёте с диска то, что не надо)
3) Утилитой "Диски" отфатматировать флешку в Fat32 .