Удаление всяких файлов *.bin в /var/cache/apt не помогло.
Вообще всё началось с приходящих от крона писем про сбои с нехваткой памяти, после чего и была попытка обновить систему руками.
Сегодня обнаружил распухшие логи 10-100 МБ.
Почистил логи в 0, удалил в /var/cache/apt файлы *.bin и *.deb , перезагрузил. После этого прошли
apt-get update - прошёл "длиннее" чем до чистки логов.
apt-get upgrade - местами perl поругался на неустановленный локаль.
Пока полёт нормальный, буду следить за сообщениями от крона.