Зачем вы так извращаетесь? Minecraft отлично работает с JAR-клиента, а некоторые говорят, что даже лучше, потому что писался под Linux.
Для начала установите Java:
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
sudo apt-get update
sudo apt-get install oracle-java7-installer
Затем качаете клиент сервера на каком вы играете.
Возможно вы ставите моды несовместимых версий, еще с версии 1.7 установка модов и карт делается по другому, чем ранее, не через файл minecraft.jar, а загрузкой в отдельную папку. Можете попробовать скачать уже готовый клиент со встроенным ModLoader. Когда-то использовал
отсюда там уже есть OptiFine и еще несколько модов.