из /home удалял все скрытые папки перед установкой.
Вот это вы зря сделали. Потом когда напоритесь на некоторые специфичные проблемы из за этого, будете вручную создавать некоторые конфиги. Вы либо не трогаете скрытые папки и файлы в /home, либо создаёте новый /home при установке форматируя раздел/диск.
По поводу нового Центра приложений, это правда. Я думаю его конечно исправят. А пока лучше воздержаться от его использования. Те кто новичком не является, я думаю могут совладать с багами нового ЦП (Центр Приложений), но им нет смысла это делать, так как и ранее эти люди пользовались, apt, apt-get, aptitude, synapric. Новичку же на данном этапе этот ЦП лучше даже не показывать. Если вы кому то очень хотите поставить 16.04 в текущем состоянии, попробуй в качестве временного решения Центр приложений
App Grid Несмотря на то, что этот продукт далеко не вчера появился, я им ни разу не пользовался и не устанавливал его. Поэтому каких либо тонкостей не знаю, пакет для Ubuntu 16.04 в указанном мной PPA доступен.